Trong hoạt động xuất nhập khẩu, hóa đơn và các chứng từ liên quan đóng vai trò then chốt trong việc xác định nghĩa vụ thuế, khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT), tính chi phí hợp lý và đảm bảo tính minh bạch của giao dịch. Năm 2026 đánh dấu bước chuyển quan trọng khi nhiều quy định mới về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử chính thức có hiệu lực từ ngày 01/7/2026, chủ yếu dựa trên Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC. Bài viết này tổng hợp các quy định mới nhất liên quan đến hóa đơn và chứng từ trong hoạt động nhập khẩu hàng hóa, giúp doanh nghiệp nắm rõ để tuân thủ pháp luật và hạn chế rủi ro.
1. Khung pháp lý mới từ năm 2026
Từ ngày 01/7/2026, Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định chi tiết một số điều và biện pháp tổ chức, hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế 2025 về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử chính thức thay thế nhiều quy định cũ tại Nghị định 123/2020/NĐ-CP (đã được sửa đổi bởi Nghị định 70/2025/NĐ-CP).
Đồng thời, Thông tư 91/2026/TT-BTC hướng dẫn cụ thể định dạng, nội dung và quy trình sử dụng hóa đơn điện tử. Đối với hàng hóa xuất nhập khẩu, Thông tư 86/2026/TT-BTC cũng quy định về quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, nhấn mạnh nguyên tắc tự khai, tự chịu trách nhiệm và điện tử hóa toàn bộ quy trình.
Điểm nổi bật là việc mở rộng đối tượng áp dụng hóa đơn điện tử, bao gồm cả tổ chức nước ngoài có hoạt động kinh doanh trên nền tảng thương mại điện tử phát sinh doanh thu tại Việt Nam. Đối với nhập khẩu, mặc dù hóa đơn thương mại thường do phía nước ngoài phát hành (theo thông lệ quốc tế), phía Việt Nam vẫn phải tuân thủ nghiêm ngặt về chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu và việc lập hóa đơn khi trả hàng ủy thác.
2. Chứng từ bắt buộc trong hoạt động nhập khẩu
Theo quy định về thuế GTGT (Luật Thuế GTGT và Nghị định 181/2025/NĐ-CP hướng dẫn), để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa nhập khẩu, doanh nghiệp phải có:
- Hóa đơn GTGT mua hàng hóa, dịch vụ (nếu mua trong nước) hoặc chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu.
- Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm hàng nhập khẩu) từ 5 triệu đồng trở lên (đã bao gồm thuế GTGT).
Chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu là căn cứ quan trọng để kê khai khấu trừ. Trường hợp mua hàng hóa nhập khẩu là quà biếu, quà tặng, hàng mẫu không phải trả tiền thì không bắt buộc phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt nếu giá trị dưới ngưỡng quy định.
Đối với hàng hóa nhập khẩu có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên, việc thanh toán phải thực hiện qua hình thức không dùng tiền mặt theo Nghị định 52/2024/NĐ-CP. Việc nộp tiền mặt vào tài khoản của bên bán không được coi là chứng từ thanh toán hợp lệ để khấu trừ thuế.
3. Quy định đặc thù về nhập khẩu ủy thác
Một trong những điểm cần lưu ý nhất liên quan đến “hóa đơn nhập khẩu” là trường hợp nhận nhập khẩu ủy thác. Theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP:
- Nếu cơ sở kinh doanh nhận nhập khẩu ủy thác đã nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu, khi trả hàng cho bên ủy thác, cơ sở nhận ủy thác phải sử dụng hóa đơn điện tử (thường là hóa đơn GTGT điện tử).
- Nếu chưa nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu, khi xuất trả hàng, cơ sở nhận ủy thác lập phiếu xuất kho kiêm vận chuyển điện tử làm chứng từ lưu thông hàng hóa. Sau khi nộp thuế xong mới lập hóa đơn điện tử.
Khi lập hóa đơn GTGT xuất trả hàng nhập khẩu ủy thác, giá bán chưa có thuế GTGT bao gồm: giá trị hàng hóa thực tế nhập khẩu theo giá CIF, thuế nhập khẩu, thuế tiêu thụ đặc biệt (nếu có) và các khoản phải nộp khác ở khâu nhập khẩu. Điều này giúp bên ủy thác có căn cứ để kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
4. Thời điểm và loại hóa đơn liên quan đến xuất nhập khẩu
Mặc dù bài viết tập trung vào nhập khẩu, quy định về thời điểm lập hóa đơn đối với hàng xuất khẩu cũng ảnh hưởng gián tiếp đến chuỗi cung ứng. Theo Điều 9 Nghị định 254/2026/NĐ-CP:
- Đối với bán hàng hóa thông thường: Thời điểm chuyển giao quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng hàng hóa cho người mua.
- Đối với xuất khẩu hàng hóa (kể cả gia công xuất khẩu): Người bán tự xác định thời điểm lập hóa đơn thương mại điện tử, hóa đơn GTGT điện tử hoặc hóa đơn bán hàng điện tử, nhưng chậm nhất không quá ngày làm việc tiếp theo kể từ ngày hàng hóa được thông quan theo quy định hải quan.
Hóa đơn thương mại điện tử được bổ sung chính thức từ năm 2025–2026, áp dụng cho người xuất khẩu đáp ứng điều kiện chuyển dữ liệu hóa đơn bằng phương thức điện tử đến cơ quan thuế. Nếu không đáp ứng, doanh nghiệp sử dụng hóa đơn GTGT điện tử hoặc hóa đơn bán hàng điện tử.
Đối với nhập khẩu, hóa đơn thương mại từ phía nước ngoài vẫn là chứng từ gốc quan trọng trong hồ sơ hải quan, kết hợp với tờ khai hải quan điện tử và chứng từ nộp thuế.
5. Nội dung bắt buộc trên hóa đơn điện tử từ 01/7/2026
Phụ lục ban hành kèm Nghị định 254/2026/NĐ-CP quy định rõ nội dung hóa đơn, bao gồm:
- Tên hóa đơn, ký hiệu, số hóa đơn.
- Tên, địa chỉ, mã số thuế của người bán.
- Tên, địa chỉ, mã số thuế hoặc số định danh cá nhân của người mua.
- Tên hàng hóa, dịch vụ (bằng tiếng Việt; nếu có quy định định danh thì ghi theo quy định), đơn vị tính, số lượng, đơn giá, thành tiền chưa thuế, thuế suất, tiền thuế, tổng tiền thanh toán.
Đối với hàng hóa có nguồn gốc nhập khẩu, tên hàng hóa cần ghi rõ nhãn hiệu, ký hiệu (số seri, model nếu có), xuất xứ. Trường hợp bán ô tô, xe máy nhập khẩu, hóa đơn phải thể hiện thêm số khung, số máy, số Giấy chứng nhận chất lượng an toàn kỹ thuật và bảo vệ môi trường.
Một số trường hợp không bắt buộc đầy đủ nội dung, trong đó có hóa đơn thương mại điện tử (không nhất thiết có số định danh cá nhân và chữ ký số của người mua).
6. Ảnh hưởng đến doanh nghiệp và khuyến nghị
Quy định mới nhằm nâng cao tính minh bạch, giảm thiểu gian lận thuế và thúc đẩy chuyển đổi số. Doanh nghiệp nhập khẩu cần lưu ý:
- Kết nối dữ liệu với hệ thống hải quan và cơ quan thuế để không phải nộp lại chứng từ đã có trên Cổng thông tin một cửa quốc gia.
- Đảm bảo chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt từ 5 triệu đồng trở lên để được khấu trừ thuế GTGT và tính chi phí hợp lý khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.
- Đối với nhập khẩu ủy thác, phân biệt rõ trường hợp đã/chưa nộp thuế GTGT để lập đúng loại chứng từ.
- Cập nhật phần mềm hóa đơn điện tử đáp ứng định dạng chuẩn theo Thông tư 91/2026/TT-BTC.
Việc không tuân thủ có thể dẫn đến không được khấu trừ thuế, ấn định thuế, xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn, chứng từ, thậm chí ảnh hưởng đến việc thông quan hàng hóa.
Kết luận
Quy định về hóa đơn và chứng từ liên quan đến nhập khẩu năm 2026 tiếp tục theo hướng điện tử hóa toàn diện, tăng cường trách nhiệm tự khai của người nộp thuế và kết nối dữ liệu giữa các cơ quan quản lý. Doanh nghiệp cần chủ động rà soát quy trình nội bộ, cập nhật phần mềm và đào tạo nhân sự để đáp ứng yêu cầu mới từ 01/7/2026. Việc nắm vững và áp dụng đúng quy định không chỉ giúp tuân thủ pháp luật mà còn tối ưu hóa dòng tiền và nâng cao hiệu quả quản trị rủi ro thuế trong hoạt động xuất nhập khẩu.
Ngoài ra, nếu quý doanh nghiệp đang tìm kiếm giải pháp phần mềm hóa đơn điện tử đáp ứng đầy đủ quy định, xin vui lòng liên hệ E-invoice để nhận được tư vấn:
CÔNG TY PHÁT TRIỂN CÔNG NGHỆ THÁI SƠN
- Địa chỉ: Số 15, phố Đặng Thùy Trâm, phường Nghĩa Đô, Thành phố Hà Nội
- Tổng đài HTKH: 1900 4767 – 1900 4768
- Tel : 024.37545222
- Fax: 024.37545223
- Website: https://einvoice.vn/
Để lại một phản hồi