Nghị định 359/2025/NĐ-CP được Chính phủ ban hành ngày 31/12/2025, có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2026. Văn bản này sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định 181/2025/NĐ-CP (Nghị định hướng dẫn chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng 2024). Nghị định 359 tập trung vào các điều chỉnh liên quan đến thuế GTGT đối với nông, lâm, thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường, đồng thời bãi bỏ một số điều kiện hoàn thuế nhằm tạo thuận lợi cho doanh nghiệp. Đây là một trong những văn bản quan trọng nhất cuối năm 2025, giúp hoàn thiện khung pháp lý thuế GTGT trước khi Luật mới chính thức áp dụng toàn diện.
1. Bối cảnh ban hành và mục tiêu của Nghị định 359/2025/NĐ-CP
Nghị định 181/2025/NĐ-CP (ban hành ngày 01/7/2025) là văn bản hướng dẫn chi tiết Luật Thuế GTGT 2024 (Luật số 48/2024/QH15, hiệu lực từ 01/7/2025). Tuy nhiên, sau hơn 5 tháng thực tiễn áp dụng, một số quy định về nông, lâm, thủy sản ở khâu thương mại gây khó khăn cho chuỗi cung ứng, đặc biệt là việc kê khai, tính nộp thuế GTGT và hoàn thuế. Nghị định 359 ra đời nhằm:
- Giải quyết vướng mắc thực tế trong giao dịch nông sản chưa chế biến.
- Tạo điều kiện thông thoáng hơn cho doanh nghiệp, hợp tác xã trong khâu thương mại.
- Bãi bỏ các điều kiện hoàn thuế liên quan đến người bán để tránh hồi tố bất lợi.
- Đảm bảo tính thống nhất, minh bạch và phù hợp với mục tiêu hỗ trợ sản xuất nông nghiệp.
Nghị định có hiệu lực từ 01/01/2026, áp dụng cho tất cả kỳ tính thuế từ thời điểm đó trở đi.
>> Tham khảo: Hướng dẫn hộ kinh doanh kê khai thuế theo doanh thu thực tế.
2. Điểm mới quan trọng nhất: Không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT trong một số giao dịch nông, lâm, thủy sản
Nghị định bổ sung khoản 1b sau khoản 1 Điều 4 (đối tượng không chịu thuế) của Nghị định 181/2025/NĐ-CP, với nội dung chính:
Doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã mua sản phẩm nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường để bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác sẽ không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT nhưng vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
Đây là quy định đột phá, giúp:
- Giảm thủ tục kê khai cho các doanh nghiệp thu mua nông sản ở khâu thương mại.
- Đảm bảo chuỗi cung ứng nông sản không bị gián đoạn do thuế.
- Vẫn cho phép khấu trừ đầu vào → Không ảnh hưởng đến quyền lợi hoàn thuế của doanh nghiệp chế biến, xuất khẩu.
>> Tham khảo: Hóa đơn điện tử; Báo giá hóa đơn điện tử.
Ví dụ minh họa:
- Doanh nghiệp A thu mua lúa gạo từ nông dân (chưa chế biến) → Bán lại cho doanh nghiệp B (cũng là hợp tác xã) để chế biến gạo xuất khẩu.
- Theo quy định mới: Doanh nghiệp A không phải kê khai, nộp thuế GTGT cho giao dịch này, nhưng vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào (nếu có).
Trường hợp khác:
- Nếu doanh nghiệp A bán cho hộ, cá nhân kinh doanh hoặc tổ chức, cá nhân khác → Phải tính thuế GTGT 5% (theo khoản 3 Điều 19 Nghị định 181/2025/NĐ-CP).
- Đối với hộ, cá nhân nộp thuế theo phương pháp tính trực tiếp → Tính thuế GTGT bằng 1% trên doanh thu khi bán ở khâu thương mại.
Quy định này giúp giảm gánh nặng hành chính cho các doanh nghiệp thu mua nông sản, đồng thời vẫn đảm bảo dòng thuế GTGT chảy về khâu chế biến và tiêu dùng cuối cùng.
>> Tham khảo: Từ năm 2026, thuế với hộ kinh doanh cho thuê nhà được tính như thế nào?
3. Bãi bỏ điều kiện hoàn thuế GTGT liên quan đến người bán
Nghị định 359 bãi bỏ:
- Khoản 3 Điều 37 Nghị định 181/2025/NĐ-CP (điều kiện hoàn thuế GTGT phải có người bán kê khai, nộp thuế).
- Khoản 3 Điều 39 Nghị định 181/2025/NĐ-CP (điều khoản chuyển tiếp áp dụng từ tháng 7 hoặc quý 3/2025).
Hậu quả tích cực:
- Toàn bộ hồ sơ hoàn thuế GTGT đã nộp trước 01/01/2026 nhưng chưa có quyết định hoàn sẽ không còn bị ràng buộc bởi điều kiện người bán đã kê khai, nộp thuế.
- Doanh nghiệp đang chờ hoàn thuế được tháo gỡ vướng mắc, tránh hồi tố bất lợi.
- Quy định này áp dụng không phân biệt thời điểm, tạo thuận lợi lớn cho doanh nghiệp xuất khẩu, chế biến nông sản.
>> Tham khảo: Tra cứu hóa đơn; Tra cứu hóa đơn điện tử.
4. Tác động và ý nghĩa của Nghị định 359/2025/NĐ-CP
Tác động tích cực:
- Đối với doanh nghiệp thu mua nông sản: Giảm thủ tục kê khai, tiết kiệm chi phí hành chính, tăng hiệu quả chuỗi cung ứng.
- Đối với doanh nghiệp chế biến, xuất khẩu: Vẫn được khấu trừ đầu vào → Đảm bảo quyền lợi hoàn thuế.
- Đối với nông dân, hộ sản xuất: Gián tiếp được hưởng lợi từ chuỗi cung ứng thông thoáng hơn.
- Đối với ngân sách nhà nước: Không làm giảm thu (thuế GTGT vẫn được thu ở khâu chế biến và tiêu dùng cuối cùng), nhưng tăng hiệu quả quản lý.
Ý nghĩa chiến lược:
- Hỗ trợ ngành nông nghiệp – lĩnh vực chiếm tỷ trọng lớn trong nền kinh tế Việt Nam.
- Thể hiện chủ trương “không đánh thuế chồng thuế” ở khâu thương mại nông sản.
- Tạo môi trường kinh doanh thuận lợi, thúc đẩy xuất khẩu nông sản (một trong những ngành xuất khẩu chủ lực).
>> Tham khảo: Thời điểm xuất hóa đơn điện tử.
5. Lưu ý khi áp dụng Nghị định 359/2025/NĐ-CP
- Hiệu lực: Từ 01/01/2026 → Các giao dịch trước ngày này vẫn áp dụng quy định cũ của Nghị định 181/2025/NĐ-CP.
- Hồ sơ hoàn thuế đang chờ: Doanh nghiệp đang chờ quyết định hoàn thuế trước 01/01/2026 không cần bổ sung điều kiện người bán đã kê khai, nộp thuế.
- Kê khai thuế: Doanh nghiệp vẫn phải kê khai đầy đủ các khoản khác, chỉ miễn kê khai cho giao dịch cụ thể được quy định.
- Phần mềm hỗ trợ: Các phần mềm HĐĐT như Thái Sơn E-invoice cần cập nhật tính năng mới để tự động xử lý các giao dịch không phải kê khai thuế GTGT.
- Theo dõi cập nhật: Doanh nghiệp cần theo dõi các thông tư hướng dẫn chi tiết để tránh sai sót.
Kết luận
Ngoài ra, nếu quý doanh nghiệp đang tìm kiếm giải pháp phần mềm hóa đơn điện tử đáp ứng đầy đủ quy định, xin vui lòng liên hệ E-invoice để nhận được tư vấn:
CÔNG TY PHÁT TRIỂN CÔNG NGHỆ THÁI SƠN
- Địa chỉ: Số 15, phố Đặng Thùy Trâm, phường Nghĩa Đô, Thành phố Hà Nội
- Tổng đài HTKH: 1900 4767 – 1900 4768
- Tel : 024.37545222
- Fax: 024.37545223
- Website: https://einvoice.vn/
Để lại một phản hồi