Theo Tổng cục Thuế, đến tháng 11/2025, hệ thống hóa đơn điện tử đã xử lý hơn 2 tỷ hóa đơn, giúp doanh nghiệp khấu trừ chính xác hơn 60% so với hóa đơn giấy. Tuy nhiên, nếu không đáp ứng điều kiện, doanh nghiệp có nguy cơ bị từ chối khấu trừ, dẫn đến truy thu thuế kèm phạt 0.03%/ngày (Nghị định 125/2020/NĐ-CP). Bài viết sẽ phân tích chi tiết cơ sở pháp lý, điều kiện khấu trừ, quy trình thực hiện với hóa đơn điện tử, các trường hợp điển hình, lưu ý quan trọng và khuyến nghị, dựa trên các quy định cập nhật mới nhất.
1. Cơ sở pháp lý về khấu trừ thuế GTGT khi sử dụng hóa đơn điện tử
Cơ sở pháp lý chính được quy định tại Luật Thuế GTGT số 13/2008/QH12 (sửa đổi, bổ sung bởi Luật số 48/2024/QH15, hiệu lực từ 1/7/2025).
Điều 15 Luật Thuế GTGT nêu rõ nguyên tắc khấu trừ: Thuế phải nộp = Thuế đầu ra – Thuế đầu vào hợp lệ.
Hướng dẫn chi tiết tại Nghị định 181/2025/NĐ-CP (ban hành 1/7/2025), thay thế Nghị định 209/2013, tập trung vào điều kiện khấu trừ đầu vào với ngưỡng thanh toán mới.
Về hóa đơn điện tử, Nghị định 123/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 70/2025/NĐ-CP, hiệu lực 1/6/2025) quy định hóa đơn điện tử phải truyền dữ liệu XML đến CQT ngay khi lập, làm cơ sở kiểm tra khấu trừ (Điều 15).
Thông tư 32/2025/TT-BTC (thay thế Thông tư 78/2021) hướng dẫn mẫu số, ký hiệu và xử lý sai sót, yêu cầu hóa đơn điện tử phải có chữ ký số hợp lệ để khấu trừ. Điểm mới từ Luật 48/2024: Bổ sung đối tượng không chịu thuế GTGT và điều chỉnh điều kiện khấu trừ, nhấn mạnh thanh toán không dùng tiền mặt để chống rửa tiền và gian lận thuế.
2. Các điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào khi sử dụng hóa đơn điện tử
Theo Điều 18 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, khấu trừ thuế GTGT đầu vào phải đáp ứng 4 điều kiện cơ bản, với trọng tâm là tính hợp lệ của hóa đơn điện tử :
| Điều kiện | Nội dung chi tiết | Yêu cầu với HĐĐT |
|---|---|---|
| Hóa đơn hợp lệ | Hóa đơn điện tử phải đầy đủ thông tin: Tên, MST người bán/mua, hàng hóa, đơn giá, thuế suất, chữ ký số. | Truyền dữ liệu XML đến CQT; tra cứu được trên hoadondientu.gdt.gov.vn (Điều 11 Nghị định 70). |
| Liên quan kinh doanh | Hàng hóa/dịch vụ phục vụ sản xuất chịu thuế GTGT, không dùng cho mục đích cá nhân. | Ghi rõ mã hàng hóa trên hóa đơn điện tử; không khấu trừ nếu hóa đơn điện tử ghi “cho tặng” (Điều 7 Nghị định 70). |
| Thanh toán hợp lệ | Từ 1/7/2025: Hóa đơn ≥5 triệu đồng phải thanh toán không dùng tiền mặt (chuyển khoản ngân hàng, ví điện tử). Trước đây là ≥20 triệu. | Chứng từ ngân hàng phải khớp MST trên hóa đơn điện tử; trường hợp đặc thù (mua nông sản) được miễn. |
| Kê khai đúng hạn | Khấu trừ trong kỳ thuế phát sinh (tháng/quý), không quá 12 tháng kể từ kỳ đầu tiên. | Hóa đơn điện tử phải lập đúng thời điểm (ngay khi giao hàng); sai sót điều chỉnh bằng biên bản (không hủy). |
Bổ sung từ Nghị định 181: Các trường hợp đặc thù như mua hàng từ hộ kinh doanh không cần thanh toán không dùng tiền mặt nếu dưới 5 triệu, nhưng vẫn phải có hóa đơn điện tử từ máy tính tiền nếu doanh thu hộ ≥1 tỷ đồng/năm. Không khấu trừ nếu hóa đơn điện tử giả mạo, không truyền dữ liệu hoặc sai MST (Điều 14 Luật Thuế GTGT).
>> Có thể bạn quan tâm: Báo giá hóa đơn điện tử.
3. Quy trình khấu trừ thuế GTGT với hóa đơn điện tử
Quy trình được số hóa qua Cổng etax.gdt.gov.vn, gồm 5 bước chính:
- Nhận và kiểm tra hóa đơn điện tử đầu vào: Người bán truyền hóa đơn điện tử ngay lập (Điều 11 Nghị định 70). Doanh nghiệp tra cứu QR code hoặc cổng điện tử để xác minh chữ ký số và dữ liệu.
- Lập bảng kê: Sử dụng phần mềm hóa đơn điện tử tự động lập Mẫu 01-1/GTGT, liệt kê hóa đơn điện tử đầu vào với số lượng, giá trị, thuế.
- Kê khai thuế: Nộp tờ khai 01/GTGT điện tử trước ngày 20 (tháng) hoặc 30 (quý). Hệ thống tự tính khấu trừ nếu dữ liệu khớp.
- Xử lý sai sót: Nếu hóa đơn điện tử sai (ví dụ: sai đơn giá), lập biên bản điều chỉnh (Mẫu 04/ĐC-HĐĐT) và HĐ điều chỉnh, kê khai bổ sung (Mẫu 01/KHBS).
- Theo dõi và hoàn thuế: Nếu thuế đầu vào thừa, đề nghị hoàn (Mẫu 01/HT). Thời gian xử lý: 40 ngày cho hoàn thông thường.
Với hóa đơn điện tử từ máy tính tiền (bán lẻ), khấu trừ tự động nếu kết nối CQT, giảm thời gian từ hàng giờ xuống vài phút.
4. Các trường hợp khấu trừ cụ thể với hóa đơn điện tử
4.1. Khấu trừ hóa đơn điện tử thông thường
Doanh nghiệp mua nguyên liệu 10 triệu đồng (thuế 1 triệu): Nếu thanh toán chuyển khoản và hóa đơn điện tử truyền dữ liệu, khấu trừ đầy đủ. Sai thanh toán → từ chối.
4.2. Hóa đơn điện tử từ máy tính tiền
Hộ kinh doanh bán lẻ: Doanh nghiệp mua hàng ≥5 triệu phải chuyển khoản để khấu trừ. Bắt buộc kết nối CQT từ 1/6/2025 (Nghị định 70).
4.3. Xuất khẩu và thương mại điện tử
Hóa đơn điện tử xuất khẩu (thuế suất 0%): Khấu trừ 100% đầu vào nếu hóa đơn điện tử lập chậm nhất ngày sau thông quan, thanh toán không dùng tiền mặt nếu ≥5 triệu.
4.4. Hóa đơn điện tử điều chỉnh
Sai số lượng: Lập biên bản + HĐ điều chỉnh, khấu trừ bổ sung. Không hủy HĐ cũ.
4.5. Nhà cung cấp nước ngoài
Nền tảng số: Đăng ký hóa đơn điện tử, khấu trừ qua bảng tổng hợp nếu thanh toán điện tử.
Ví dụ: Công ty B mua thiết bị 6 triệu (thuế 600.000): Từ 1/7/2025, phải chuyển khoản để khấu trừ, dữ liệu hóa đơn điện tử khớp CQT.
5. Lưu ý tránh từ chối khấu trừ và chế tài xử phạt
- Thanh toán không dùng tiền mặt: Bắt buộc ≥5 triệu từ 1/7/2025; chứng từ phải lưu trữ 10 năm.
- Truyền dữ liệu kịp thời: Chậm → từ chối khấu trừ, phạt 10-20 triệu (Nghị định 125).
- Chữ ký số và lưu trữ: Hết hạn → hóa đơn điện tử vô hiệu; lưu hóa đơn điện tử điện tử 10 năm.
- Rủi ro cao: Doanh nghiệp mới hoặc HĐ lớn → kiểm tra trước khấu trừ.
- Phần mềm hỗ trợ: Einvoice tự động kiểm tra điều kiện, giảm lỗi.
Chế tài: Sử dụng hóa đơn điện tử không hợp lệ → truy thu + phạt 1-3 lần thuế, ngừng sử dụng hóa đơn điện tử (Điều 16 Nghị định 70).
Kết luận
Ngoài ra, nếu quý doanh nghiệp đang tìm kiếm giải pháp phần mềm hóa đơn điện tử đáp ứng đầy đủ quy định, xin vui lòng liên hệ E-invoice để nhận được tư vấn:
CÔNG TY PHÁT TRIỂN CÔNG NGHỆ THÁI SƠN
- Địa chỉ: Số 15 Đặng Thùy Trâm – Cầu Giấy – Hà Nội
- Tổng đài HTKH: 1900 4767 – 1900 4768
- Tel : 024.37545222
- Fax: 024.37545223
- Website: https://einvoice.vn/
Để lại một phản hồi